特定技能外国人の税務実務｜住民税・源泉徴収・年末調整の注意点

特定技能外国人の税務は「日本人とほぼ同じ」だが落とし穴がある

特定技能外国人は、原則として日本人従業員と同じように給与から所得税が源泉徴収され、要件を満たせば年末調整の対象となり、翌年度から住民税が課税されます。雇用契約に基づき日本国内で働く以上、その給与は日本で課税される所得であり、税務手続の大枠は国籍を問いません。

一方で、特定技能外国人ならではの論点もあります。代表的なものは次の4つです。

• 居住者・非居住者の判定：来日直後の取扱いで源泉徴収税率が大きく変わります。
• 国外に住む扶養親族の控除：母国の家族を扶養に入れる場合、追加の証明書類が必要です。
• 来日初年度の住民税：前年所得が日本にないため、初年度は原則かからず、翌年度から発生します。
• 退職・帰国時の住民税精算：未徴収分の一括徴収や納税管理人の届出が問題になります。

これらは制度を知らないと「住民税の未納で出国してしまった」「国外扶養親族の控除が否認された」といったトラブルにつながります。以下、項目ごとに実務上の注意点を見ていきます。

居住者か非居住者かで源泉徴収が変わる

所得税法では、個人を「居住者」と「非居住者」に区分します。国税庁の整理によれば、居住者とは「国内に住所がある個人」または「現在まで引き続いて1年以上居所がある個人」をいい、それ以外が非居住者です（国税庁 タックスアンサー No.2875）。

ここで実務上重要なのが「住所の推定」です。来日して国内に居住することになった人が、その職業からみて継続して1年以上日本に居住することが通常必要とされる場合などには、入国の時から国内に住所があるもの（＝居住者）と推定されます。特定技能は在留期間を更新しながら相当期間就労することが前提の在留資格であるため、雇用契約が1年以上の継続就労を予定しているケースでは、多くの場合入国当初から居住者として扱うことになります。

源泉徴収の税率｜居住者と非居住者で大きく異なる

源泉徴収する所得税等の計算方法は、居住者か非居住者かで根本的に異なります。

非居住者の20.42％は扶養控除等を反映しない一律課税であり、年末調整も行いません。逆に居住者であれば、扶養控除等申告書の提出を受けて通常の税額表で計算し、年末調整で精算します。

なお、租税条約により母国の税法との二重課税が調整される場合もあります。本人の出身国によっては「租税条約に関する届出書」の提出で取扱いが変わることがあるため、必要に応じて確認してください。

年末調整｜扶養控除等申告書を提出した居住者が対象

年末調整は、給与の支払を受ける居住者で、その年最後の給与支払日までに「給与所得者の扶養控除等(異動)申告書」を提出している人が対象です。特定技能外国人も居住者であればこの対象に含まれ、日本人従業員と同様に1年間の源泉徴収税額を精算します。

実務上の留意点は次のとおりです。

1. 扶養控除等申告書の提出を確実に受ける：年末調整の前提書類です。母国語の補助資料などで記入方法を丁寧に案内すると記載漏れを防げます。
2. 各種控除の適用可否を確認する：生命保険料控除、社会保険料控除などは日本人と同様に適用できます。
3. 国外扶養親族がいる場合は証明書類を確認する：後述の親族関係書類・送金関係書類が必要です。
4. 年の途中で居住者・非居住者の区分が変わる場合：たとえば年の途中で出国し非居住者になる場合は、出国時までに年末調整を行うのが原則です。

非居住者は年末調整の対象外であり、給与に対する20.42％の源泉徴収で課税関係が完結する点に注意してください。

国外に住む扶養親族の控除には「親族関係書類」と「送金関係書類」

特定技能外国人が母国に残してきた家族を扶養に入れて扶養控除等を受けるには、通常の扶養控除等申告書に加えて、国外居住親族であることを示す書類の提出・提示が必要です。国税庁は次の書類を求めています。

• 親族関係書類：その親族が本人の親族であることを証明する書類（戸籍の附票の写しやパスポートの写し、外国政府等が発行した出生証明書・婚姻証明書など）。外国語の書類は日本語訳を添付します。
• 送金関係書類：その年に、その親族の生活費・教育費として本人が送金等を行ったことを明らかにする書類（金融機関の外国送金依頼書の控え、クレジットカード利用明細など）。

さらに、扶養親族のうち30歳以上70歳未満の人については、留学ビザ等で在留する者・障害者・年38万円以上の送金を受けている者のいずれかに該当しなければ控除対象外となるため、該当区分に応じた追加書類（留学ビザに係る書類や38万円送金書類など）が必要になる点にも注意してください。書類が揃わなければ控除は否認され、源泉徴収税額の不足や本人の確定申告での修正につながります。

住民税｜来日初年度は原則かからず、翌年度から課税

個人住民税は、前年の1月1日から12月31日までの所得に対して、その年の1月1日（賦課期日）に住所がある市区町村が課税します（総務省）。この仕組みのため、来日初年度は前年に日本での所得がなく、原則として住民税はかかりません。実際に課税が始まるのは、来日して初めての年が終わった翌年度からです。

住民税の納め方には、給与から毎月天引きして会社が納める特別徴収と、本人が納付書で納める普通徴収があります。給与所得者については特別徴収が原則であり、特定技能外国人についても会社が特別徴収義務者として毎月の給与から天引きし、市区町村へ納付します。

退職・帰国時の住民税｜一括徴収と納税管理人の届出

住民税は前年所得への後払い課税であるため、特定技能外国人が在留期間満了などで退職・帰国する際の精算が最大の実務論点になります。年度途中で退職すると、その年度分のまだ天引きしていない住民税（未徴収分）が残るためです。

対応の基本は次の2つです。

1. 退職時の一括徴収：特別徴収されていた人が退職する場合、残りの未徴収分を最後の給与または退職金から一括徴収して会社が市区町村へ納めることができます。特に1月1日から5月31日までの間に退職・出国する場合は、本人の申出がなくても未徴収分を最後の給与・退職手当等から一括徴収するのが原則とされています。
2. 納税管理人の選任・届出：出国までに納め切れない住民税がある場合、本人は出国する前に、日本に住所を有する人の中から納税管理人を選定し、市区町村に届け出る必要があります（総務省）。納税管理人は、本人に代わって納税通知書の受領や納付を行います。

住民税を未納のまま出国させてしまうと、市区町村からの督促が会社や保証人に及ぶこともあり、企業の管理責任が問われかねません。帰国スケジュールが固まった段階で、早めに市区町村と調整することが重要です。

雇用企業が押さえておきたい税務実務チェックリスト

特定技能外国人の税務実務で、雇用企業の担当者が確認すべき項目を時系列で整理します。

税務実務そのものは税理士の専門領域ですが、在留資格の維持や受入れ支援と密接に関わるため、社内では人事・経理・受入れ担当が連携して情報を共有しておくことが大切です。登録支援機関に委託する場合の費用は月額2〜3万円程度が目安とされますが、これは生活オリエンテーションや相談対応などの支援費用であり、税務申告の代行費用とは別である点にも留意してください。

なお、在留資格に関する申請や登録支援は提携先の行政書士法人Treeが対応します。税務・在留手続を横断して相談したい場合は、専門家への早めの照会をおすすめします。

よくある質問

まとめ

• 特定技能外国人の税務は日本人とほぼ同じだが、居住者・非居住者の判定、国外扶養親族の控除、来日初年度の住民税、帰国時の精算という外国人特有の論点がある。
• 1年以上の継続就労が予定される特定技能外国人は、入国時から居住者と推定され通常の源泉徴収を行うのが原則。非居住者なら給与に一律20.42％を源泉徴収する。
• 年末調整は、扶養控除等申告書を提出した居住者が対象。非居住者は年末調整の対象外。
• 国外居住親族を扶養に入れるには「親族関係書類」と「送金関係書類」の提出・提示が必要で、外国語書類には日本語訳を添付する。
• 住民税は前年所得への課税のため来日初年度は原則かからず翌年度から。給与天引きの特別徴収が原則。
• 退職・帰国時は未徴収住民税の一括徴収を検討し、納め切れない分は出国前に納税管理人を選任・市区町村へ届け出る。